荆州农科院从1950年创立“荆州农林总场”到1952年更名“地方国营荆州农场”，上属荆州专署领导，下设生产队管理；1951年初建中共党小组，次年与荆州农校合建党支部。

1955年3月25日更名“荆州专署农业试验站”，改为事业体制，之前为企业体制。1958年单独成立党支部。1960年2月3日，更名“荆州专区农科所”，相当正县级，属荆州地区农业局主管，业务由湖北省农科所领导。1963年设立原种场。“文化大革命”期间，党政组织瘫痪，由“抓革命促生产办公室”和“革命委员会”代之。1970年原种场划归江陵县管辖。1971年8月党支部恢复，1976年3月成立党总支，1978年8月建立党委。改革开放后，1980年农科所科研组改为科研室，科研机构得到充实、发展。80年代中期到90年代中期，农科所行政科室和经济实体有所增加。荆、沙合并后的1995年，沙市区岑河镇荆农村划归农科所，重建原种场。1997年农科所实行机构改革，行政科室有所减少。

1998年4月，农科所更名农科院，隶属市农业局领导。2001、2004、2007、2013四年中，农科院在改革中，强化科研和开发机构，精简行政科室。2009年底，农科院原种场整体划入荆州开发区沙市农场。2014年12月止，内设6个行政科室、7个科研学术机构、3个生产经营部门。院党委下设3个支部，有党员88人。